Das Kloster wurde gegründet unten Maura Dias im Jahre 1280 für die Nonnen klarissok. Das Kloster dauerte nicht lange, und im Jahre 1311 es aufgehört zu existieren. In 1316 die Frau von König Dinis I, Königin Isabella von Portugal, dem restaurierten Kloster.

Königin Isabella von Portugal auch "Heilige Königin" wegen ihrer außergewöhnlicher Frömmigkeit und Rechtschaffenheit. Die Königin auch berühmt für ihre guten Charakter Krankenhäuser, Waisenhäuser und Schulen auf der Basis. Nach dem Tod ihres Mannes, König Dinis, zog sie sich in das Kloster. Und im Jahre 1336 die Königin starb und wurde im Kloster in der Gruft, im gotischen Stil dekoriert begraben. Im Jahr 1626 wurde Königin Isabella für seine Nächstenliebe und gute Taten heilig gesprochen.

Der erste Architekt des Klosters war Domingos Domingues, für seine Arbeit an den Galerien des Klosters von Alcobaça bekannt. Er setzte die Arbeit dieses Architekten Estevao Domingues, der berühmt für seine Arbeiten über die Galerien Kathedrale in Lissabon war. Im Jahre 1330 wurde die Einweihung des Tempels und später in den südlichen Teil der Kirche ein Kloster errichtet. Das Kloster ist sehr oft vorgestellt Geldspenden und Geschenke. Zu Beginn des XVI Jahrhunderts wurde die Kirche mit sevillanischen Fliesen und installiert neue Altäre eingerichtet.

Da das Kloster und die Kirche wurden auf dem linken Ufer des Flusses Mondego gebaut, ein Jahr später wurde das Gebäude über den Ufern der Flusswasser überschwemmt. Und seit Jahrhunderten das Kloster überschwemmten viele Male. Aufgrund der häufigen Überschwemmungen im Kloster war es nicht möglich zu sein, und König Johann IV bestellt, das Gebäude zu verlassen und in ein neues Kloster - Kloster von Santa Clara-a-Nova, auf einem Hügel, nicht weit von der alten Gebäude gebaut. Das Grab mit den Überresten der Königin Isabella und anderen königlichen Personen wurden in das neue Gebäude übergeben.

Im Laufe der Zeit, das alte Kloster in Schutt und Asche. Im Jahr 1910 wurde das Gebäude als Denkmal von nationaler Bedeutung aufgeführt, und einige Umbauarbeiten wurden in der ersten Hälfte des zwanzigsten Jahrhunderts durchgeführt.