Kirche von San Sebastian liegt auf einem Hügel in der Nähe des Fischmarktes, im nördlichen Teil der Altstadt von Lagos. Aus dieser Lage bietet einen atemberaubenden Panoramablick auf die Bucht. Die Kirche gilt als eine der ältesten und schönsten Kirchen in der Stadt.

Noch bevor die Kirche an dieser Stelle im Jahr 1325 gebaut wurde eine Kapelle der Unbefleckten Empfängnis der Seligen Jungfrau Maria. Im Jahre 1463, hat Bischof João de Mello gemacht, dass an diesem Ort eine Kirche gebaut wurde. Im Jahre 1490, im Auftrag des Königs von Portugal, Don João II, wurden wir wieder durchgeführt Wiederaufbauarbeiten, und die Kirche wurde erweitert. Danach wurde die Kirche als die Kirche von San Sebastian (Kirche des Heiligen Sebastian) geweiht. Leider, wie bei vielen historischen Gebäuden in Portugal geschehen ist, wurde die Kirche praktisch während des Erdbebens von Lissabon im Jahre 1755 zerstört. Die Kirche wurde wieder hergestellt und durch ein Erdbeben, das im Jahr 1969 stattgefunden zwei Jahrhunderte später wurde die Kirche wieder zerstört. Im Laufe der Zeit wurde die Kirche wieder hergestellt.

Im Inneren der Kirche aus drei Schiffen von dorischen Säulen getrennt. Die ursprüngliche Hauptaltar der Kirche stammt aus dem sechzehnten Jahrhundert. Altar besteht aus vier Platten. Es wird erwartet, dass diese Elemente erstellt einer der berühmtesten Künstler der Algarve in der XVI Jahrhundert Alvaro Dias. Die Kirche hielt den alten Plan der Stadt. Im Jahre 1828 hat die Kirche einen Turm mit einer Glocke.

Im Jahr 1924 wurde die Kirche von San Sebastian als Denkmal von nationaler Bedeutung aufgeführt.