Kirche von Santa Cruz wurde von Jesuiten im Jahre 1608 als Pfarrkirche für die chinesischen Einwanderer in Manila, von denen viele den christlichen Glauben angenommen gebaut. Wenn die Jesuiten aus den Philippinen vertrieben, wurde die Kirche in den Besitz eines Dominikanermönch. Die Kirche wurde fast doppelt von einem starken Erdbeben in der berühmten Schlacht von Manila im Februar 1945, die das Ende der fast drei Jahre der japanischen Besetzung der Stadt markiert zerstört und schwer verletzt.

Als im Jahre 1571 wurde die Hauptstadt Manila philippinischen Archipels erklärt, hat es sich in das Ebenbild eines mittelalterlichen europäischen Stadt mit Kirchen, Paläste und Rathaus im Stil der spanischen Barock gebaut umgewandelt. Das heutige Gebäude der Kirche von Santa Cruz, im Jahr 1957 renoviert, in seiner ursprünglichen Form wieder hergestellt. Allerdings ist es möglich zu sehen, die Spuren des Turms ist typisch für asiatische Architektur. Der Altar der Kirche auf den ersten Blick scheint ein wenig untertrieben, aber seine Lichtgestaltung perfekt.

Kirche von Santa Cruz liegt an der Plaza Lacson (früher Gojty Area), in der Nähe der berühmten Fontana Karredo, im Jahre 1882 zu Ehren des "größten Wohltäter der Philippinen" Francisco Karredo, die 10.000 Pesos für den Bau des ersten Wasserversorgungssystem in Manila gespendet gebaut.