Die erste Universität in Pécs entstand im Jahre 1367 als einer der ältesten in Mitteleuropa von König Ludwig der Große, sie unter während der türkischen Besatzung ging. Im Jahre 1921 der ehemalige ungarische Universität in Bratislava (es Bratislava, ungarisch:. Pozsony) zog nach Pécs, ist Janus Pannonius rezultatom1982 University (Janus Pannonius TUDOMÁNYEGYETEM, JPTE).

  Die erste Universität wurde in Pécs von Ludwig I. von Ungarn in 1367 gegründet, die als ein einheitliches Bildungszentrum für mehrere Jahrzehnte bestanden, in der Mitte des 15. Jahrhunderts wurde es in zwei Schulen unterteilt - Recht und Theologie. Während der türkischen Besetzung der Universität wurde geschlossen und erst im Jahre 1785, als Joseph II zog das Royal Academy von Györ, Pecs eröffnet. Im Jahre 1802 kam der Royal Academy in Györ auf Befehl von Francis I, und Hochschuleinrichtungen in Pec war nicht bis 1833, als der Bischof von Pécs unter der Schirmherrschaft der Stadtsenat in Pec Academy gegründet mit den Fakultäten für Rechtswissenschaft und Philosophie.

  Moderne Universität Pécs wurde 1912 gegründet und ursprünglich in Preßburg (heute Bratislava) entfernt. Nach dem Zweiten Weltkrieg war Pozsony aneksirovan aus Ungarn, und im Jahr 1921 an die Universität von Pecs, wo es bis heute. Im Jahr 1951, die Medizinische Fakultät der Universität abgetrennt wurde, und bis zum Jahr 2000 war eine selbstständige Institution. Im Jahr 1982 wurde die Universität nach dem Janus Pannonius benannt. Diese Universität Pécs wurde am 1. Januar 2000 aus der Fusion der Janus Pannonius Universität, der Universität für Medizin und Teachers College gegründet.