Universität Zagreb ist die älteste nicht nur in Kroatien, sondern auch in Südosteuropa. Das Datum seiner offiziellen Gründung wird als 23. September 1669, als der römische Kaiser und der ungarisch-kroatischen Königs Leopold I. ausgestellt ein Gesetz erkennt die Privilegien und den Status der Hochschulbildungseinrichtungen der ehemaligen Jesuitenschule, die auf dem Hoheitsgebiet eines freien königlichen Stadt Zagreb, der ehemaligen Hauptstadt des Königreiches von Kroatien und Slawonien betrieben. Dieses Datum ist der Beginn der Geschichte der Universität Zagreb in ihrem Kampf für die Umsetzung der Rechte empfangen und an einen würdigen Platz unter den autoritativen und Vertreter der Hochschulen und Akademien in Mitteleuropa erhalten.

Geschichte der Universität Zagreb in seiner modernen Form beginnt mit der Initiative dzhyakovskogo Bischof und prominente Schirmherr der kroatischen Josip Juraj Strossmayer, als er im Jahr 1861 vorgeschlagen, die Universität zu organisieren vier Fakultäten: medizinische, theologische, philosophische und juristische. Der Vorschlag wurde für mehrere Jahre betrachtet, und im Jahre 1874 das kroatische Parlament hat die Initiative ergriffen und ein Dekret "Über die Universität." Im gleichen Jahr die Universität ihren Namen und wurde als moderne Universität in Zagreb bekannt.

Seit 1990 hat die Universität mehr Autonomie erhalten, zur gleichen Zeit begann der Beitritt zum Bologna-Prozess.